Using DiffusionGradientTable on HCP-style acquisition #128
Description
Should this be the intended behaviour?
np.genfromtxt(bval)
>>> array([ 5., 5., 610., 1240., 615., 1225., 625., 1230., 620.,
1230., 610., 1240., 615., 1225., 620., 1220., 620., 5.,
1225., 615., 1240., 625., 1230., 620., 1240., 615., 1225.,
615., 1230., 625., 1230., 610., 1230., 5., 615., 1235.,
615., 1220., 625., 1245., 620., 1240., 620., 1225., 615.,
1235., 620., 1225., 605., 5., 1225., 625., 1235., 615.,
1230., 620., 1230., 610., 1235., 620., 1230., 620., 1220.,
625., 1235., 5., 610., 1230., 620., 1240., 615., 1230.,
625., 1230., 610., 1235., 610., 1240., 620., 1235., 620.,
5., 1220., 615., 1230., 615., 1230., 620., 1240., 610.,
1215., 620., 1240., 620., 1225., 620., 1225., 615., 1230.,
5., 890., 1800., 895., 1785., 910., 1790., 900., 1795.,
890., 1800., 895., 1785., 905., 1780., 900., 5., 1785.,
895., 1805., 905., 1795., 900., 1800., 895., 1780., 895.,
1790., 905., 1790., 890., 1790., 5., 895., 1795., 895.,
1775., 905., 1805., 900., 1805., 900., 1785., 895., 1795.,
900., 1785., 885., 5., 1785., 905., 1795., 895., 1795.,
900., 1790., 890., 1795., 900., 1790., 900., 1780., 910.,
1795., 5., 890., 1790., 900., 1805., 895., 1790., 905.,
1790., 890., 1795., 890., 1800., 905., 1800., 900., 5.,
1780., 895., 1790., 895., 1790., 900., 1805., 890., 1775.,
900., 1805., 900., 1785., 900., 1785., 895., 1790.])
gtab = DiffusionGradientTable(dwi_file=dwi, bvecs=bvec, bvals=bval)
gtab._bvals
>>> Inconsistent bvals and bvecs (13, 0 low-b, respectively).
array([ 0, 0, 600, 1200, 600, 1200, 600, 1200, 600, 1200, 600,
1200, 600, 1200, 600, 1200, 600, 0, 1200, 600, 1200, 600,
1200, 600, 1200, 600, 1200, 600, 1200, 600, 1200, 600, 1200,
0, 600, 1200, 600, 1200, 600, 1200, 600, 1200, 600, 1200,
600, 1200, 600, 1200, 600, 0, 1200, 600, 1200, 600, 1200,
600, 1200, 600, 1200, 600, 1200, 600, 1200, 600, 1200, 0,
600, 1200, 600, 1200, 600, 1200, 600, 1200, 600, 1200, 600,
1200, 600, 1200, 600, 0, 1200, 600, 1200, 600, 1200, 600,
1200, 600, 1200, 600, 1200, 600, 1200, 600, 1200, 600, 1200,
0, 900, 1800, 900, 1800, 900, 1800, 900, 1800, 900, 1800,
900, 1800, 900, 1800, 900, 0, 1800, 900, 1800, 900, 1800,
900, 1800, 900, 1800, 900, 1800, 900, 1800, 900, 1800, 0,
900, 1800, 900, 1800, 900, 1800, 900, 1800, 900, 1800, 900,
1800, 900, 1800, 900, 0, 1800, 900, 1800, 900, 1800, 900,
1800, 900, 1800, 900, 1800, 900, 1800, 900, 1800, 0, 900,
1800, 900, 1800, 900, 1800, 900, 1800, 900, 1800, 900, 1800,
900, 1800, 900, 0, 1800, 900, 1800, 900, 1800, 900, 1800,
900, 1800, 900, 1800, 900, 1800, 900, 1800, 900, 1800],
dtype=uint16)