Trabajo Práctico Final Especialización en Ciencia de Datos ITBA

Versión de python: Python 3.7.6

Dataset

El dataset ubicado en el directorio data/raw/test y data/raw/train fue obtenido de diversos links mencionados en https://github.com/lindawangg/COVID-Net. La unificación de dicho dataset se realizó con la notebook encontrada en notebooks/create_dataset.ipynb obtenida del proyecto COVIDx y modificada.

Estructura del repositorio

• data: Directorio que contiene las imágenes en su estado raw, procesado intermedio y resultante
• notebooks: dentro se encuentra los scripts y código en python base del trabajo práctico final
• results: contiene imágenes y reportes a utilizar en la versión escrita del trabajo práctico.

Notebooks

• create_dataset.ipynb
  • Script utilizado para unificar múltiples datasets de radiografías frontales y laterales de tórax con su correspondiente diagnóstico. Obtiene como resultado 2 carpetas (test y train) con las imágenes y 2 archivos csv (test y train) con su metadata.
• preprocessing.ipynb
  • Script utilizado para el preprocesamiento de imágenes para la utilización de HOG y NMF
• hog.ipynb
  • Script utilizado para entrenamiento y prueba del modelo de HOG.

Correr los scripts

Se debe instalar jupyter notebook y correrlo desde la raíz del repositorio. Desde la interfaz de jupyter se pueden correr cada uno de los scripts